Die Serie handelt von einem Mädchen, das mit den ökologischen und sozialen Problemen der modernen Gesellschaft konfrontiert wird. Das Werk lässt sich in die Genre Action, Drama, Science Fiction und Magical Girl einordnen.

Bei einem Motorradunfall mit ihrem Freund Tokio (大島 時夫, Ōshima Tokio) stirbt die Oberschülerin Jūna (有吉 樹奈, Ariyoshi Jūna). Auf dem Weg ins Jenseits trifft sie auf den als TI1 bezeichneten Chris Hawken (クリス・ホーケン, Kurisu Hōken), der ihr die Möglichkeit anbietet, weiterzuleben. Dafür soll sie für die Organisation S.E.E.D. arbeiten, welche gegen die Rāja kämpft. Ihr wird die Zukunft der Erde gezeigt, bei der die Umwelt völlig zerstört und das Leben unmöglich geworden ist. Die Rāja scheinen die Ursache für all dies zu sein und die Zivilisation zu zerstören. Jūna erhält von Chris ein Krummjuwel, das sich selbstständig an ihre Stirn anheftet. Es synchronisiert sich mit der Erde und gibt ihr so die Macht zum Kampf gegen die Rāja. Jūna wird als Arjuna zur Inkarnation der Zeit.

Bald soll Jūna das erste Mal mit Pfeil und Bogen gegen die Raaja vorgehen, doch gelingt es ihr nur mit Mühe und der Hilfe von Chris. Ihre Fähigkeiten ermöglichen es ihr, die Welt zu sehen, wie sie ist, und sie erkennt die zerstörerischen Prozesse hinter der Konsumwelt. Sie wird zur Verbesserung ihrer Fähigkeiten auf sich allein gestellt in den Wald geschickt, wo sie zuerst verzweifelt versucht zu überleben. Bald kann Tokio sie finden und beide kommen bei einem alten Mann unter. Dieser lehrt sie, die Natur zu verstehen und zu achten. Zurück in Tokio gerät sie immer mehr in Konflikt mit der modernen Gesellschaft und sich selbst. Schließlich sagt ihr Chris auch immer wieder, dass sie die Rāja nicht töten solle.

Schließlich kommt es durch einen Unfall in einem von Tokios Vater geleiteten Labor dazu, dass große Mengen kohlenwasserstoffzersetzender Mikroorganismen in das Wasser von Tokio gelangen und sich weiter verbreiten. Die Organismen sollten ursprünglich zum Abbau von Ölteppichen eingesetzt werden. Nun bedrohen sie die Energieversorgung von ganz Japan und zerstören aus Erdöl gewonnene Kunststoffe, sodass die öffentliche Ordnung bald völlig zusammenbricht. Japan wird daraufhin von der Außenwelt abgeschnitten und die Bevölkerung leidet unter Hungersnot und Wasserknappheit. Schließlich kann Jūna das wahre Wesen der Rāja erkennen, sie sind die Folge der Umweltverschmutzung der Erde durch den Menschen. Nun bedrohen sie die Bevölkerung von Japan. Jedoch erkennt Jūna im letzten Kampf gegen die Rāja, dass diese selbst essbar sind und so die Not der Menschen lindern können.

Viele Begriffe der Serie sind dem Hinduismus entlehnt, so der Name Arjuna, ein Prinz aus der indischen Mythologie, Schüler des Gottes Sri Krishna. Auch Arjunas Beschützer Ashura, ein Halbgott mit dämonischen Zügen, stammt aus dem Hinduismus. Im Laufe der Serie wird außerdem auf verschiedene ökologische und soziale Probleme eingegangen. Außerdem geht es um den Kreislauf von Leben und Tod.

Die Fachzeitschrift Animania schreibt bei Arjuna von einer der ambitioniertesten Serien ihrer Zeit. Der Anime sei vielschichtig und hintergründig, die Behandlung der Zerstörung der Umwelt sei ein ernstes Anliegen der Macher. Die Botschaft der Serie lasse kaum einen Zuschauer unberührt, jedoch bleibe es nicht beim erhobenen Zeigefinger, sondern es würden auch Lösungen angeboten.

Die Animationen seien eindrucksvoll und das Zusammenspiel der verschiedenen Techniken reibungslos. Der Einsatz von Realszenen sei revolutionär und unterstreiche den Bezug zur Realität. Die Charaktere seien liebevoll geschaffen, wenn auch Arjuna als Reinkarnation der Zeit in grellen Farben auftritt. Die stimmungsvolle sphärische Hintergrundmusik spiegele die Erdverbundenheit der Serie wieder.